En metode for å skille molekyler ved å utnytte deres evne til å binde spesifikt til andre molekyler. Det finnes flere typer biologiske affinitet kromatografi. A biologiske molekyl kan bli immobilisert og et mindre molekyl (ligand, eksemplarer,) som det er å binde kan være fast, eller mindre ligand kan bli immobilisert og Makromolekyl fast til den. A varianten er å bruke et antistoff som immobilisert molekylet og bruke den til å "fange" sin antigen: Dette kalles ofte immuno-affinitet kromatografi. A variant er pseudo affinitet Ture, som er et stoff som er som en biologisk ligand immobilisert på et solid materiale, og enzymer og andre proteiner er bundet til. Andre teknikker inkluderer metall affinitet Ture, der et metall ion er immobilized på en solid støtte: metall ioner binde tett og spesielt til mange biomolecules. Metall ion er bundet til en chelator eller chelaterande gruppe, en kjemisk gruppe som binder spesielt og svært tett til det metallet.