Cyndaquil er liten, bipedal Pokémon med blåaktig pels på toppen av sin kropp og en melaktig farge på undersiden. Selv om kalt brann musen Pokémon, Cyndaquil synes å være en sammensatt av funksjoner fra Maurpinnsvin, sett i flammene erupting fra ryggen og spissmus, den generelle formen til sin kropp. Sine øyne er ofte lukket, så det er fortsatt små. Det har fire rødfargede flekker på ryggen fra sin flammer bryter ut. Det mangler klør på sin forelimbs, men har en enkelt claw hver bakben fots.