En metode for spalting av double-strandet DNA på spesifikk begrensning nettsteder. En passende begrensning området er valgt, rundt som base sekvensen er kjent, og en oligonucleotide, opptil 50 eller 60 baser i lengde, er syntetisert for å komplettere den. Det er hybridiserte til DNA å danne en trippel helix, som har stabilisert seg med hjelp av RecA protein. Metylering deretter blokkerer alle men beskyttet begrensning området, så som etterfølgende behandling med begrensning nuclease, i fravær av beskyttelse oligonucleotide og RecA protein, vil cleave bare på det angitte området. Bruk av to beskytte oligonucleotides for områder som spenner over en sekvens av interesse kan excision av en bestemt fragment fra en DNA-forberedelse så komplisert som det menneskelige genomet.