Shedinjas kropp er basert på et insekt skur exoskeleton. Derfor kroppen er helt hule (det har ingen indre organer). Skallet består av chitin og er helt i stand til bevegelse. Som det er skur skallet av en fullt utviklet Ninjask, den har lignende form til sistnevnte. Shedinja hele kroppen er brun i fargen, magen er en mørkere. Det er fire utstikkende deler der Ninjasks lemmer vokste. Hva synes å være øynene er faktisk åpninger, kanskje tidligere for Ninjask skallet ligger for å se gjennom. Shedinja har et par vises fillete "vinger" på ryggen, som er faktisk der ytre skjelett ble revet av Ninjask å bryte fri fra skallet. Mellom sin "vinger" det er et hull, hvorav Ninjask rømte. Hver "ving" deler i tre mindre biter. Disse "vinger" faktisk ikke utføre alle funksjoner, som Shedinjas kropp er immobile og levitates. To vannrette linjene sirkel buken. En hvit halo flyter stadig over hodet.