Fargekodede visningen av metaphase kromosomer. Sonder som er unike for hver kromosom er konstruert av separasjon av personlige kromosomer, og deres fragmentering i 400 til 500 biter og merking med en kombinasjon av fluorophores som er unik for hver kromosom. Metaphase kromosomene er hybridiserte med en blanding av disse sonder og deres mikroskopiske bilde tatt av et ladet koplede enhet (CCD) kamera i flere titalls tusenvis av piksler. Fluorescens utslipp spektrum av hver piksel analyseres for å identifisere kombinasjonen av fluorophores som det ble generert og dermed identifisere kromosom som den tilhører; hver piksel deretter kan tilordnes til et kromosom. Hver kromosom, derfor hver piksel, er vilkårlig tildelt sin egen karakteristiske farger for å vise de fargekodede kromosomet. Translocations og innsettinger av kromosom fragmenter er sett på som kromosomer med band av mer enn én farge. se tilfeldighet maleri (kromosom maleri)