En metode for å skille nukleinsyre eller protein molekyler avhengig av molekylære størrelse. Molekyler vandrer gjennom inert gel matrix under påvirkning av et elektrisk felt. i protein siden, vaskemidler som natrium dodecyl sulfat (SDS) er ofte lagt til sikre at alle molekyler har en jevn belastning. Videregående strukturen kan ofte føre til uregelrett overføringen av molekyler. Derfor er det vanlig å denature protein eksempler ved å koke dem før siden. Ved nucleic syrer, denaturing agenter som formamide, urea eller methyl kvikksølvsalter hydroksid er inkorporert i gel, som kan også kjøres ved høy temperatur. Siden brukes til å skille produkter av DNA-sekvenser reaksjoner og geléer ansatt er svært denaturing, siden molekyler ulik størrelse av en single nukleotid må løses.