En teknikk for fastsettelse av base sekvensen av en homogen polynucleotide som fungerer som en mal i et replikeringssystemet. A liten mengde en bestemt dideoxynucleoside trifosfat er inkludert i de fire vanlige deoxynucleotide triphosphates under replikering. Kjeden oppsigelse forekommer når en dideoxynucleotide er innarbeidet som genererer en merket polynucleotide som kjedelengde, evaluert av polyakrylamid-gel geleelektroforese, antyder avstanden fra 5'-slutten av primer til plasseringen der den normale nukleotid oppstår. Påvisning av geleelektroforese band kan være av en etikett som ³² P eller, mer nylig, ved en fluorophore innlemmet i primer (fargestoff primer sekvensering) eller dideoxynucleotide (fargestoff terminator sekvensering). Faktisk, i en variant av fargestoff terminator metoden merkingen av hver av de fire dideoxynucleotides med en fluorophore som slipper ut på en annen bølgelengde tillatelser identifikasjon av base som avslutter hvert geleelektroforese band i en atskilt blanding av alle fire (enkelt kjørefelt sekvensering).